Приказом Федерального агентства по рыболовству на ФГБУ ЦСМС возложена функция по обеспечению технологического сопровождения работ, связанных с ведением государственного рыбохозяйственного реестра. Приказ подписан руководителем Росрыболовства.

Государственный рыбохозяйственный реестр находится в федеральной собственности и представляет собой систематизированный свод документов о водных биологических ресурсах. Реестр необходим для определения состояния, целевого использования и сохранения ВБР.

Сведения для реестра предоставляют структурные подразделения Росрыболовства, ФСБ, МЧС, ФНС, Росводоресурсы, капитаны морских портов, субъекты Российской Федерации. Государственный рыбохозяйственный реестр  ведется в бумажном и электронном виде.